Sekretariati i BSPSH-së është organ operativ ekzekutiv që realizon dejtimin e përditshëm të veprimatrive sindikale nën drejtimin e Presidentit të BSPSH-së. Ai përbëhet nga:
-    Zv/Presidenti i BSPSH;
-    Sekretarët e BSPSH dhe ndihmës Sekretarët;
-    Përfaqësuesja e Forumit të Gruas;
-    Përfaqësuesja e Forumit të Rinisë.
-    Kryetari i Kontroll Revizionit
Zv/Presidenti dhe Sekretarët e BSPSH-së, janë me mandat të miratuar nga Asambleja Kombëtare, me propozim të Presidentit të BSPSH-së. Miratimi i tyre bëhet me votim të fshehtë (kur janë dy kandidatë) ose me votim  të hapur (kur është një kandidat)  pasi të kenë fituar me shumicën e thjeshtë të votave 50 % + 1, në të kundërtën, Presidenti ka të drejtën që të bëjë propozime për kandidatura të tjera. Në të gjitha rastet e shkarkimeve të sekretarëve, Zv/presidentit të BSPSH-së, nevojiten 2/3 e votave të anëtarëve të forumit që i ka miratuar. Për këto raste propozimi bëhet nga Presidenti BSPSH-së.
Ndihmës sekretarët, janë persona të emëruar nga Presidenti dhe janë në përbërje të personelit administrativ të BSPSH-së.